Full Body Scan memiliki limitasi dan tidak dapat mendeteksi semua jenis kanker dan kondisi penyakit yang ada. Pemeriksaan ini bersifat skrining, sehingga diperlukan pemeriksaan tambahan untuk melakukan deteksi lanjutan.

Pemeriksaan ini lebih berfungsi sebagai tambahan, tetapi tidak dimaksudkan untuk menggantikan metode screening yang telah direkomendasikan oleh badan pemerintah atau organisasi kesehatan lainnya untuk mendeteksi penyakit tertentu (seperti contoh: endoskopi, pencitraan payudara khusus, pemeriksaan Pap-smear untuk kanker serviks, CT thorax dosis rendah untuk pasien berisiko tinggi dan pemeriksaan screening lainnya).

Pemeriksaan ini tidak bisa dijadikan sebagai satu-satunya landasan diagnosis. Segala ulasan di dalam hasil pemeriksaan harus disesuaikan dengan temuan klinis dan pemeriksaan lainnya sebelum dijadikan sebagai suatu diagnosis.

Pemeriksaan darah berfokus pada skrining kanker (belum termasuk pemeriksaan penyakit kronis seperti kolesterol, diabetes, asam urat, gangguan fungsi ginjal, gangguan fungsi hati, dan lain sebagainya).

Pemeriksaan ini tidak bisa mendeteksi semua kondisi jantung secara rinci karena tidak mengevaluasi kondisi otot jantung atau pembuluh darah jantung.

Pemeriksaan ini tidak bisa mendeteksi semua kondisi jantung secara rinci karena tidak bisa mengevaluasi mikroarsitektur paru-paru atau mikronodul paru-paru.

Full Body Scan tidak bisa menggantikan pencitraan payudara khusus untuk skrining atau evaluasi diagnostik (misalnya, mamografi, ultrasonografi payudara, dan MRI payudara dengan kontras)

Pemeriksaan ini tidak bisa mendeteksi semua kondisi saluran pencernaan secara rinci. Ada keterbatasan dalam evaluasi saluran pencernaan dan tidak bisa menggantikan endoskopi atau kolonoskopi (misalnya, tidak dapat mendeteksi polip usus)

Pemeriksaan ini tidak bisa mendeteksi semua gangguan tulang dan sendi secara rinci. Ada keterbatasan dalam penilaian sendi besar karena pemeriksaan ini tidak ditujukan untuk evaluasi rinci dari ligamen, kartilago, meniskus, dan labrum sendi

Full Body Scan tidak dianggap sebagai modalitas skrining utama kulit. Ini lebih baik dinilai melalui pemeriksaan fisik langsung.